調査が入ります。どうするべき？

資料などを用意して期日に所定の場所に呼び出されて調査する場合、最近では定期的に行っているようです。

原則は３年に１回を基準に、期限や時期、届出等が正規に提出されているなどの調査基準の結果をもとに、優良な場合は４年から５年に1度、不備がある場合は、3年から半年、または社労士などの専門家指導などの注意を受けるようです。
何もかもが不備な場合は、３ヶ月、半年と短期間に調査をするようです。

今時点で、不備が見つかったのであれば、提出してしまっても構わないと思いますが、、先延ばしにすることはありません。わかった時点で訂正し、必要な書類を提出して手続きを行えばよいです。
もし、今の段階で調査担当者がわかるのであれば、随時改定の届をすることを伝えてみればいかかでしょう。担当者へ直接送付するなどで対応されるかもしれません。
調査の際には、届出の控えなども持参するはずですので、提出済みと伝えればよいですし、担当者に直接届けていれば、提出内容の確認のみで済みますので。。。
提出期限が過ぎてしまってはいますが、注意される程度だと思います。それが頻繁に繰り返されているようであれば、次の調査は、期間が短くなると思います。

残業が多い少ないは、問題ありません。御社の従業員のように算定基礎期間に残業を極力さけ、仕事にも支障をきたさないという心構えは良いことだと思います。できるのであれば、算定期間だけにとどまらず、いつでもその心構えで、残業を減らす努力をしてもらえれば会社としても嬉しい限りでしょう。

ちなみに、当社は３年に１度の調査から、４年から５年後の調査の対象になるようです。（担当者に確認しました）

あと、この機会に、手続き等や判断に困っていることなど全て聞いてみるのも良いですよ。

早々のご回答をありがとうございます。

定期的に行われている調査とお聞きして少し安心しました。
確か何年か前に来た案内はハガキだったのに、今回は何だか大げさな封筒できたものですから、何事かとちょっとびっくりしてしまいました。

早速、本日随時改定の手続きをとります。

残業が少ない件も気にしなくても大丈夫なんですね。

大変勉強になりました。
感謝申し上げます。