従業員からの健康保険料徴収漏れ

保険料は労使折半ですが、当該労働者の保険料を全額会社が負担していたということでしょうか？（申告漏れは考えにくい）
そっくり漏れているなら、保険組合等に処理方法を聞いてください。

既に１年近くになるので、なぜ、気がつかなかったのか？は追及しないとして。
従業員に請求する場合は、
１．法律で決まっていることなので、本人に事情を説明して不足分を徴収する（謝罪が大事）
保険料の金額が大きければ、分割徴収も認める。

２．年末調整のやり直しで、所得税を還付する。
法定調書の控えには、当該労働者の源泉徴収票でも添付して、記載に誤りがあったことを記録しておく。
還付する所得税は毎月納付する所得税から差し引く（年末調整過不足欄がある）。
納付書欄に年末調整過不足欄があるが、年の途中で行えるケースは、死亡退職や国外転出など限定的なので目立つかも。

後は当該税務署へそういう処理をして良いか聞くこと。



> 昨年冬季賞与支給の際に、健康保険料を従業員から徴収漏れをしている事が発覚しました。徴収漏れは、一人の従業員のみです。
> この様な場合、どの様に処理をすすめていけばいいのでしょうか？

こんにちわ。

先ずは、行政窓口に問い合わせることが必要です。遡及手続については、各行政機関で「業務処理（運用）マニュアル（※職員用の内部資料なので、公開されていません）」がありますので、それに従って遡及手続きを行うこととなります。

一般的な遡及手続きについては、添付書類として事実発生の確認ができる「賃金台帳」および「出勤簿」と「遅延理由書」の提出が求められるかと思います。

各行政窓口によって対応も違います。例えば、「賞与支払届」に係る遡及については11ｶ月以上は受付けなかったりすることがありますので、そういった点も留意し早めに行政窓口に問い合わせることが必要です。

保険料の徴収漏れの対応については既に回答も出ておりますので省略します。
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> ２．年末調整のやり直しで、所得税を還付する。
> 法定調書の控えには、当該労働者の源泉徴収票でも添付して、記載に誤りがあったことを記録しておく。
> 還付する所得税は毎月納付する所得税から差し引く（年末調整過不足欄がある）。
> 納付書欄に年末調整過不足欄があるが、年の途中で行えるケースは、死亡退職や国外転出など限定的なので目立つかも。
>
年末調整については、、
社会保険料控除の対象とするのは、実際にその年に支払ったものを対象とします。
よって、前年のものであっても今年支払うのであれば、今年の年末調整に反映させることになります。
給与天引きも同様でよいとの税務署からの回答を得ております。
ただし、徴収しすぎた保険料を返金する場合は、年末調整のやり直しが必要となるようです。

徴収漏れは、徴収したとき（本人の給与から、または、直接徴収した時・・・事業主が支払った時ではない）
過剰徴収の返金は、遡って（事業主に返金された時ではない）
年末調整をすればよいそうです。。。

参考までに。