車庫証明に必須要件について

警察に車庫証明を提出した3台は当然ながら貴社が所有する車でしょう。残りの常時駐車場を使用している3台の所有者は誰なのですか？　いずれにせよ現在その車が使用されている、すなわち車検登録がされて実際に走っている車なのですから、新規登録時に車庫証明を警察に提出しているはずです。提出しなければ新規登録はできず、車の運行ができません。

車庫証明は車を登録する際に、使用の本拠の位置（所有が個人なら自宅、法人なら法人の所在地）から直線距離で2Ｋｍ以内に保管場所を定めて警察署長の承認をもらいます。車庫証明としての書類は警察に提出してしまいますので一般的には控えは取っていないのではないでしょうか（きっちりした法人なら提出前にコピーを取る場合がありますが）。

その3台が個人所有の車でしたら自宅もしくは自宅近くの車庫で登録されているはずです。昼間は会社の駐車場に置いていますが夜間は自宅での保管となっているのではないでしょうか。その場合に昼間の保管場所を警察に届ける義務はありません。

その3台が会社の所有者なら登録時に車庫証明をとって届け出ているはずです。その書類のコピーを取っていないだけでしょう。

なお一度提出した車庫証明を再度提出するのは以下の場合です。
①使用の本拠の位置が変更となった(個人なら転居、法人なら移転）。
②所有者が変わった（売却、譲渡）
③最初に提出した保管場所や土地の所有者が変わった（駐車場の賃貸契約の変更など）

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ファインファインさんが的確にお答えになっていると思います。

車庫証明の保管場所必要性の根拠は、「自動車の保管場所の確保等に関する法律」です。
この法律は、自動車の保有者等に自動車の保管場所を確保させて、道路を自動車の保管場所として使用することがないことを目的にしています。具体的には、自動車の使用の本拠（正しく手続きがなされているなら車検証上の住所。）を基準にしています。その本拠に昼の間の一時駐車場所は該当しません。
ただし、駐車場等のスペースを利用せず、道路への一時駐車を繰り返すようなことになると、厳しい方の罰則を適用するために保管場所規定を拡大されることはあるかも知れませんが。お尋ねの状況では車庫証明の必要性はないと考えます。

丁寧なご回答ありがとうございました。ファインファイン様や泉つかさ法務事務所様のおっしゃるっとおり、残りの車は自宅で車庫証明を取っていました。総務担当になったばかりで、知識が乏しく初歩的な質問をしてしまいましたが、わかりやすいご説明ありがとうございました。

「からあげくん」さん、お返事ありがとうございます。

最近、質問しっ放し、回答もらいっ放しの方が増える中、大変有難く感じました。

私たちも、何も分からないところから今にまで少しずつ経験を蓄えてまいりました、また回答することでさらに身につけてまいりました。
恥ずかしがらずに質問する勇気と、どんな回答にでも感謝するお気持ちを忘れなければ、きっと良い「経験者」になられると思います。頑張ってください！

取り急ぎ、お礼まで。