中途入社社員の年末調整

> もし還付されていたのであれば、前職の収入は含まずに
> 当社で年末調整してしまってもよいのでしょうか。

そのやり方は問題ありです。その本人さんの年間の収入・所得が
考慮されず、徴税額が著しく小さくなってしまいます。
敢えてやるのであれば、前職支払金額および社会保険料は
源泉徴収票のまま含め、前職会社が還付をしてしまってるので
あれば、前職徴税額を0とすることで、一応は正しい徴税額による
処理にはなります。
（その場合、住宅借入金特別控除がなければ、9割方
　年末調整時に追加徴収となるところでしょうが）

とは書きましたが、そもそも前職会社の処理がおかしいのが
根本の問題です。その前職会社に、退職時の処理をやり直して
もらうのが本筋です。
しかし残り時間の問題もあるところですので、退職時に還付が
あったかどうかの部分が確認でき次第、まずは所轄の税務署に
どう対処すべきか、問い合わせてください。
残り時間も考慮して、上記のような処理で差し支えないと言われる
かもしれませんし、やはり本筋で前職会社から全てやり直しを
求められるかもしれません。甲欄でしょうから、ほぼ無いと思いますが
年調をせずに確定申告せよと言われる可能性もゼロではないです。

前職会社からやり直しになると大変面倒になりますが、税務署の
お墨付きをもらっていない状態で原則とは異なる処理をするのは
やはり問題が残るところです。



> ただ、一旦年末調整をしてしまう必要があるので、
> とりあえず該当者分は前職の分を含まず年末調整してしまってから、
> 年明けにもし正しい源泉徴収票が再提出された場合に
> 再調整しようと思いますが問題ないでしょうか。

先にも書きましたが、前職を含まず年調というのは
全く正しくない過小額になってしまいます。
その暫定的な年調で還付してしまった後、正しい税額
（＝大きな金額）を後から請求する形になってしまうと、
本人さんの手持ち資金の動きとして、とても不健全な
状況になってしまいます。
（前職会社の処理状況によっては、既に不健全な状況に
　陥ってるかもしれませんが）

どうしても間に合わないようであれば、給与ソフトでは
年調しない設定で処理してしまって、情報が分かり次第
国税庁の源泉徴収簿様式で以て、手計算で正しい過不足額を
算出した後、次回給与時に所得税枠より後ろの控除項目で
過不足金を精算するのが一番マシなやり方になると思います。

Ditaさん、ご回答ありがとうございます。
また、お礼が遅くなってしまい失礼いたしました。

アドバイスを拝見し、やはり年が明けてからでも
前職会社に正しい内容で源泉徴収票を発行しなおしていただくよう連絡を取ってもらい、
無事正しい内容で取得することができました。

私どもだけではなく、該当社員の前職会社さんにとっても良かったと思います。
このたびはありがとうございました。