欠勤、休職中の欠勤控除について

当月給与前払い、後刻返還の理屈を理解されておいでのようですので、

あとは会社に数字の詳細の説明を求めるしか方法はないでしょう。ここの回答者も？ですので回答に資せません。

> うつ病による欠勤が続き、12月27日より休職となり現在休職中の者です。

> このように基本給を上回る欠勤控除額の請求があるケースはあるのでしょうか？
> また来月も同様にして基本給程度の欠勤控除の請求が発生するのでしょうか？
> 経済的にも大変厳しく悩んでおります…

一般的に全休もしくはそれに近い時はよくあるケースになります。
出勤していても、社会保険・住民税等の控除がありますので、欠勤が多い時はその分マイナスとなります。
給与計算としては当たり前なのですで、計算がまちがっていないようでしたら、どうしようもありません。

ただ傷病手当金の請求はされていないのでしょうか。
必ず貰えるとはいえませんが、加入されている健康保険組合のそのページを探してみてください。
会社の人にも相談してみると良いと思います。会社が法定以上に何かそのようなときに使える保険に入っている可能性はあります。

いつかいり様も回答されているように、会社の給与支払規程が不明ですので、会社に聞いていただかないと誰も回答できない内容です。。。

あくまでも推測ですと。。。

月ずれの給与精算方式。。。欠勤等の控除は翌月控除。。
質問内容からして、１２月２５日締めの給与から１１月分の欠勤が控除されているとのこと。。
１２月分の控除は１月分の給与からされる場合は、返金が必要となる場合も有ります。

また、欠勤控除+保険料等の控除。。。とのことですので、、、
休職中において、社会保険料の免除があるのは、産休と育休だけとなっておりますから、病気怪我等の長期休業では免除されません。
よって欠勤分（基本給の全額返金）+本人負担分の保険料（本来は給与から天引きされているが、天引きできる給与がないので）。。。となると基本給以上の返金が必要となる場合も有り得ます。

あくまでも、推測ですので、、、、、会社に聞いていただいた方が、正確な回答を得られると思われます。