深夜残業について

通常勤務が8:30-17:30であれば、休憩１時間にて労働時間が８時間になっていると思います。
その日の21:00から夜勤をするのであれば、その日の労働時間が８時間を超える時点から時間外としての割増賃金が必要になります。
ゆえに、労働時間をきちんと把握する必要があると考えますので、タイムカードを打刻しないのであれば、１分単位で休憩した時間を把握する方法が必要であると思います（17:30を１分の超過もなく、かつ、21:00以前に１分も前に作業を開始することがないことが担保されているのであれば必要が無いかもしれませんが…）。
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休憩時間は労働時間になりませんので、その日の日勤の始業から夜勤の終業までの実労働時間を分単位に管理し、８時間を超過する分には時間外の割増賃金を、深夜時間帯についてはそれに加えて深夜割増賃金を１分単位に計算して支給することができていれば、問題ないかと思います（週１日以上の休日が確保されていることが前提で）。
つまりは、休憩時間と労働時間をきちんと管理把握ができているかどうかになるかと思います。



> はじめまして。理解が難しく相談させて頂きました。
> 私の会社でごく稀に深夜残業に当てはまる仕事をする事があります。
> ただし、深夜残業の支払いについて理解ができません。
> 深夜残業を実施する日の日中は通常勤務(8:30-17:30)で出勤します。
> その後、タイムカードを打刻せず休憩というか夜勤の為の夜食を取ります。
> 実際21:00～から現場への移動を開始し、作業は23:30～開始となります。
> 作業終了はまちまちですが、早ければ01:30遅ければ03:00には終了となります。
> その後、帰社しタイムカードを打刻して帰宅となります。
> この流れで問題になる部分はどこになるのでしょうか？
> また深夜残業代を移動時間は支払わないと告げられております。
> 問題点と対策などご教授願えたら幸いです。

移動というのがどういうものなのか想像できませんが、推測で言えば、休憩時間（17:30～21:00)を除いて労働時間と考えられます。