任意特定適用事業所申出書の提出の義務

> 当法人では、短時間労働者の厚生年金保険の適用について、２年前に労使協定を締結済みですが、その後入社したパート社員が全員、厚生年金保険料を給与控除されるのを嫌い、加入を希望しなかったため、まだ任意特定適用事業所申出書をねんきん事務所に提出していないのですが、問題がありますか？今後入社のパート職員（週２０時間勤務）が希望した場合は、加入させて任意特定適用事業所申出書を提出するつもりです。

これから、任意特例適用事業所の申出をするのであれば、現在在職中のパート社員においても、社会保険適用となります。
これから入社する人だけが対象となるの訳ではなく、会社全体で適用されるものです。
また社会保険制度は、本人の希望のみで、社会保険に加入する、加入しないを選択するものではありません。労働条件および給与額で加入条件が定められていますので、該当するすべての従業員を対象として強制加入手続きをすることになります。
本人負担もですが、会社負担も増大しますので、充分に検討して手続きをしていただくとよいでしょう。

> ご回答ありがとうございます。私は、２０時間以上が適用になったということは、
必ず労使協定をし、申出するものと考えておりましたが、労使協定は締結しても、ねんきん事務所に申出しない。つまり、適用事業所にならないという選択肢もあるのですか。そこは「任意」ということなのでしょうか？

> > ご回答ありがとうございます。私は、２０時間以上が適用になったということは、
> 必ず労使協定をし、申出するものと考えておりましたが、そこは「任意」ということなのでしょうか？

２０時間以上の労働者の社会保険適用については、企業の労働者人数によって強制適用されているところと、そうでないところが有ります。
強制適用されている事業所においては、労使協定いかんにかかわらず、適用条件が定められていますので、すべてに該当するれば、強制加入となります。
強制適用されていないところにおいて、週２０時間以上の労働者を対象に社会保険に加入させたいのであれば、労使協定および申出書が必要となります。
そして、御社は、労使協定を結んだのであれば、その時点で、週２０時間以上の従業員に関しても社会保険に加入することを労働者および事業所で合意していることになります。
よって、労使協定が有るにもかかわらず、条件を満たしているのにもかかわらず社会保険に加入させないことの方が問題になるとおもいますが。。。
労使協定を結んで合意したのであれば、その時点で、加入したくないという選択が無くなっている、、、状態だと思います。
なお、労使協定を結んだだけでは、社会保険適用事業所にはなりません。。。今の状態がこの状態でしょう。。

＞労使協定は締結しても、ねんきん事務所に申出しない。つまり、適用事業所にならないという選択肢もあるのですか。

任意特定適用事業所になるために労使協定が必要になりますので、労使協定を結んで合意を得られたのであれば、適用事業所になる準備ができていることになります。労使協定を結んでいるのに、適用事業所にならないという理由が理解できません。
ただ、労使協定においては、いつから社会保険の適用事業所になるのかの協議もしておく（来年からとか、今月から、、とか）ことも必要になると思います。
再度、しっかりと検討していただくとよいでしょう。