遺族に支払う賞与

専門家ではないのですが、

「被相続人がうける賞与の場合には、死亡後に確定したものでも本来の相続財産に含まれる（相基通3-32）。すなわちみなし相続財産とされず退職手当金等の非課税の適用はないこととなる。しかし、本来の相続財産に取り込まれても所得税としての課税はなく、相続税のみが課税されることとなる（所法９条①一五、所基通9-17）」

とありますので、所得税は控除しなくてもいいと思います。
ただし後で、相続人による準確定申告は必要だと思います。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2022.htm

よく読んだら、昨年末に亡くなった従業員ですね。
もう半年たっていますので、税務署に相談した方がいいと思います。

む・ら様

早々の回答、ありがとうございます。
所得税は控除せず、計算します。
源泉徴収票を送付するときに、相続人による準確定申告を
されるよう、注意書きをしておきます。