兼務している社員の給与

給与の支給はどちらの会社がしてるのでしょうか。
子会社が全額給与を支給し、親会社が兼務分を子会社に支払ってるのであれば問題は無いと思います。
どちらの会社にも雇用関係があり、それぞれに給与を支給しているようであれば、源泉の控除の仕方がそれぞれ違いますし、社会保険も手続きをして合算した給与で算定してもらうようになります。
現在どのようになってるのか確認された方がいいと思います。