通勤定期代を給与として扱われていた

私見です。

それだけでは課税として扱われていたのかどうかはわかりません。
通勤手当に対して給与手当という勘定科目を利用していてもおかしなことではありません。
給与システム上で非課税として扱われているのかどうかが重要です。

まずは給与明細などで通勤手当が非課税になっているかどうか確認しましょう。
本来非課税なのに課税となっているようなら、非課税の根拠（タックスアンサーなど）を示し、会社に源泉徴収票の訂正を働きかけるしかないですね。


また、社会保険料の算定上、通勤手当は全額収入として扱われますので、課税•非課税は関係ありません。

会計伝票の勘定科目だけをもって、所得税や住民税に反映されているかどうかはわかりません。
まずは、給与計算上において、通勤手当（定期代）が、所得税課税となっているかどうかを確認してください。

社会保険においては、
定期代を会社が支給するのであれば、給与収入として社会保険の報酬に含まれます。
もし、給与計算において、通勤定期代が含まれた額で報酬が決まっているのであれば間違いではありません。

所得税、住民税と、社会保険の収入要件は異なりますので、その点も確認してください。



> こんにちは。
>
> 先日、振替伝票を見ていたらあることに気が付いてしまいました。
> それは通勤定期代が1年間分「給与手当」とし仕訳されていました。
>
> 年間として約13万円分になります。
>
> 社会保険料や住民税に反映されてしまいますが会社へ修正をして欲しいと
> 考えております。
>
> その際に具体的にどうしたらいいのか教えてください。
>
> また、約13万円分の税金の金額も知りたいです。
>
>
> よろしくお願い致します。

ご返信ありがとうございます。

お恥ずかしいですが勉強になりました。