年末調整：税額表（甲乙欄）の適用を誤った場合の処理について

年末調整：税額表（甲乙欄）の適用を誤った場合の処理について

trd-35055

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2007-12-26

初めて質問をさせていただきます。 長文で申し訳ありません。 今年途中から人材派遣会社の事務を担当しており、初めての年末調整事務を行うことになりました。 引継ぎは紙ベースの簡単なフロー・メモ程度しかなく、国税庁の手引き等をたよりに業務を進めています。 手引き類に書いてあることと実態に乖離があることが多く、頭を抱えながら取り組んでいるなかで行き詰まったことがあり、ご相談させていただきます。 弊社では年末調整時期に派遣スタッフに対し、当年分・翌年分の扶養控除申告書を配布し、記入してもらっています。 昨年在籍し年調を実施したスタッフならば、昨年回収した紙を再配布し、修正・再度回収しています。 したがって、年の途中に就業・離職したスタッフからは一度も申告書を回収していません。 ところが、全てのスタッフに対して甲欄の税額表を適用して給与支給（源泉徴収）を行い、源泉徴収票・給与支払報告書も作成していました。 また、月何回かしか稼動しないスタッフ・週末のみ稼動のスタッフについては、「月々の給与から所得税を引いていないから」というよくわからない理屈のもと、年末調整の案内をせず、したがってこれも扶養控除等申告書を記入させないままなぜか甲欄の税額表を使用して（だから非課税になってしまうのですが）給与支給をしていました。 これが、つい先月までの実態です。 手引きを読むうちにこれが大変な誤りであることがわかり、新規就業時に必ず申告書を書いてもらうよう是正し、雇用している全てのスタッフに年調の案内を実施しました。 すると、やはり、「自分は主に働いている会社がありそちらに申告書を出しているから、申告書は（弊社には）提出しません。確定申告をするため年調も不要です。源泉徴収票のみください。」という申出をしたスタッフが何名かいました。 乙欄を適用すべきところ、甲欄を適用したまま１年間給与支給をしていた（税金を引いていなかった）ということになります。 対応に困惑しており、以下の疑問点・不明点等にアドバイスをいただければ大変ありがたく存じます。 －－－－－－－－－－－－－－－－－ ①　弊社としては、現状では19年分の源泉徴収票は甲欄で出力するしかありません。 が、月々の給与を乙欄税額表で再計算して税金を本人から追徴し、乙欄の源泉徴収票を作成することも可能に思えます。 どうするべきなのでしょうか。 ②　本人は確定申告を毎年実施し、最終的には正しい年税額を徴収されているのでしょうが、退職日が記載されていない甲欄適用の源泉徴収票を二枚税務署に提出しても、なにも指摘を受けないものなのでしょうか。 ③　確定申告せず黙っているケースがないとはとても言い切れないと思いますが、市区町村に提出している給与支払報告書などからそれが判明した場合、弊社もなんらかのペナルティを課されるのでしょうか。 事務誤りを本人に説明し、必ず確定申告を行っていただくよう説得したいと思っているのですが･･･。 ④　上の③を踏まえた相談ですが、この事務誤りについて、所轄税務署へなんらかの報告・相談をすべきなのでしょうか。 調査にでも入られたら、大変な騒ぎになるように思うのですが、影響度合いが判らず困惑しています。 19年分は必ず確定申告をしてもらい、あとは淡々と20年1月給与から「あるべき形」での源泉事務を行ったほうが、無難でしょうか。 大変不適切な内容のご相談と思いますが、どうしていいのかわかりません･･･。 －－－－－－－－－－－－－－－ ご助力をどうぞよろしくお願いいたします。