突発の私傷病による欠勤

勉強中の者で専門家ではありませんが、コメントが付かないようなので・・・

> 当社は製造業で、製造ラインの社員が突然休むと、場合によっては製造ラインをストップしなければならなくなってしまう可能性があります。そのため、有休、欠勤をとわず、休む際には３日前までに届け出をすることにしています。

使用者には労働者からの有給休暇の請求に対し、事業の正常な運営を妨げる場合は、時季を変更する権利があります。この権利を行使するために必要な時間を確保するため、労働者からの請求に期限を設けることは認められており、一般的には前日もしくは二日前、というのが一般的なようです。
御社の場合の事情で三日前というのも一概に違法とは言い切れないと思います。

> 実際は、そうは言っても病気にかかって、当日休みの連絡が入ることはあります。その場合、有休残がある社員でも、欠勤として処理し、欠勤控除に加えて、ペナルティとして控除額と同額をさらに差し引いています。まず、この対応は適法でしょうか？

欠勤の分は労働していないわけですから賃金支払いの必要はありませんが、さらに同額を控除するというのは、賃金全額支払いの原則に違反しているように思います。
月の所定労働日数が20日あり、1日欠勤したとして19日分の賃金を支払うのは当然ですが、さらに1日分控除して18日分しか賃金を支払わないのは問題ではないでしょうか。
また、この処置(さらに同額を控除)が制裁であるとした場合は、労働基準法第91条の
「就業規則で、労働者に対して減給の制裁を定める場合においては、その減給は、一回の額が平均賃金の一日分の半額を超え、総額が一賃金支払期における賃金の総額の十分の一を超えてはならない。」
に違反していると思います。

この処置は就業規則等に明記されていて、労基署に提出されているものでしょうか？　規定がないのに控除するのはおかしいですし、あるとしても労基署が認めるとは思えないのですが。

> また、有休がある社員が、欠勤から有休への変更を希望した場合、承諾すべきでしょうか？

これを認めると、当日届の休みは欠勤扱いとする規定と矛盾しませんか？事後に変更を認めるなら、最初から欠勤扱いしないのと同じと思いますが。

突発的な傷病については弾力的に運用することが労働者のためになりますが、不公平が生じて不満が出るような適用も避けなければなりません。

グレゴリオさま

コメントありがとうございます。制裁的控除部分について、早速見直したいと思います。どうもありがとうございました。