社会保険料の控除

当月控除されている会社ということでよろしいでしょうか？
当月控除の場合、3月分の保険料を4/10に支払われる3月分の給与から控除することになります。
ご質問のように給与から保険料を控除できない場合、本人に保険料を控除できない旨を伝えたうえで、
不足分を別途徴収する必要があります。
振込み等で徴収するのか、翌月分の給与から2ヵ月分を徴収するという形にするのか、分割して徴収する形にするのか、
そのあたりは労使間で相談して決めてください。
トラブルを避ける意味でも、該当社員と合意のうえで進めることが重要です。

ちなみに、ほとんどの会社は翌月控除だと思いますが、
翌月控除の場合は、4/10に支払われる3月分の給与からは控除せず、
5/10に支払われる4月分の給与から3月分の保険料を控除し、
以後毎月1ヶ月遅れで保険料を徴収することになります。

ありがとうございます。
従業員と相談して保険料の徴収方法を決めたいと思います。