退職日の相違

たしかに、31日まで勤務しているのに30日付退職・31日付資格喪失とするのはおかしいですね。
これについては、資格喪失日を修正することを求めるべきだと思います。

しかしながら、5月分の給与から保険料が控除されていることがおかしいか、という点については、
必ずしもそうとは限りませんよ。
御社が社会保険料を当月控除しているのか、翌月控除しているのかによります。
（ほとんどの会社では、社会保険料は翌月控除です）
健康保険や厚生年金は、資格取得月から発生し、資格喪失月前月分まで保険料が発生します。
つまり、資格喪失月には保険料は発生しません。
（同月得喪の場合を除く）
したがって、
●5/30退職・5/31資格喪失の場合、4月分の保険料まで発生
●5/31退職・6/1資格喪失の場合、5月分の保険料まで発生
ということになります。
これを踏まえたうえで、当月控除もしくは翌月控除の場合の徴収の仕方を見てみます。

翌月控除の場合、1ヶ月遅れで保険料を控除しますので、
5月分給与から控除されるのは、“4月分”の保険料です。
●5/31資格喪失扱いの場合、4月分の保険料まで発生するので、保険料を納めすぎているわけではない
●6/1資格喪失の扱いの場合、5月分の保険料まで発生するので、むしろ5月分の保険料を会社に納めなければならない
ということになります。

当月控除の場合、
4月分の保険料は4月分給与から控除されているわけですから、
5月分給与から保険料を控除されているなら、5月分の保険料まで徴収されていることになり、
●5/31資格喪失扱いの場合、4月分の保険料までしか発生しないのに5月分の保険料まで徴収されている＝1ヵ月分の保険料が納めすぎ
●6/1資格喪失扱いの場合、5月分の保険料まで発生するので、5月分の保険料まで徴収されていてOK
ということになります。

したがって、まずは御社が当月徴収なのか翌月徴収なのか（5月分給与から控除されているのがいつの分の保険料なのか）をご確認ください。

ありがとうございました。会社に確認をとって、解決に努めます。