おはようございます。
算定基礎届は「6月1日現在被保険者である人全員(※但し月額変更届に該当する人など、例外もあり)」が対象なので、社長だろうと専務だろうとパートだろうと、被保険者になっている人は原則として全員が対象になります。
なので、社長も4月~6月の給与による算定基礎届の対象になりますよ。
ただし、役員報酬の増額又は減額により、変動があった月から3ヶ月間の平均額で調べた標準報酬月額が、現在のものと比較して2等級以上変動していたら、算定基礎届ではなく、月額変更届の対象になりますからご注意くださいね。