所定内就業時間の設定について

> 同じ職場の中で、職種によって異なる所定内就業時間を設定することは法的に可能でしょうか？

可能です。

> 就業規則の中で定めれば可能で、法的には問題ないということでよろしいのでしょうか？

そうです。
就業規則では、すべての従業員に対して、ルールを定めなければなりません。
ある特定の部署、特定の人物を省略することは許されないので、気をつけましょう。　
【就業規則記載例】
第○○条（勤務）
就業時間および休憩時間は次のとおりとする。
（区分）（始業）　（終業）　（休憩 ）
総務部 　09：00 　17：00 　12：00～13：00
技術部 　10：00 　18：00 　12：30～13：30
なお、労働基準監督署への対応は、まず就業規則を訂正し、意見書と変更届とともに届出ます。