契約書など交わす必要があるのか？

こんにちは
> 仲介手数料（マージン）のようなものを紹介してくれたB社に払う予定でした。
>
> しかし、B社の担当者が退職してしまい、
> B社自身もマージンを受け取る権利を放棄してしまいました。
> マージンが浮いてしまうので、退職した担当者個人に支払おうと思います。


契約の観点から回答します。
B社の担当者は、普通ならば会社として約束したはずで、個人ではないはずです。　まず、その点をはっきりしましょう。

会社としての合意ならば、担当が退職しようがA社とB社間での契約が存在しまいます。　いつも繰り返していますが、契約の有効性には、契約書の有無は無関係です。
この場合には、貴社はB社に対して手数料を払うべきです。
その申し出をして、B社が辞退したならば、後は貴社が好きに処理して下さい。元担当に払おうが、貴社の利益にしても構いません。　出来れば、書面かメールで、その旨の記録は残しましょう。

元担当に払うのならば、後は貴社内部の規定に従えば良いのです。　すでに合意の範囲ならば、民法上は改めて契約書を作る必要はありません。　領収書程度で良いのでは？
（厳密に言えば、個人への支払いは源泉徴収の問題もありますが、それは貴社の経理の判断と思います。　）

本件は、マージンに関する契約書を作り、
その金額の支払いの証拠（現金払いであれば領収証）書類
を取っておいた方が良いでしょう。

目的は資金の使途を明瞭にし、誰からもクレームを
つけられないようにする為です。
特に、税務上、寄付金や使途不明金にされないように
きちんとしておくことが良いでしょう。