途中入社の社会保険料控除について

> 当社の給料は、２０日締めの当日２５日支払ですが、途中入社の場合日割り計算しますので、１２日しか出勤日数がありません。前任者からは、給与計算日数が１７日なければ、控除しなくてもよいと聞いていますが、それでよろしいのでしょうか？

健康保険や厚生年金は、月末時点で被保険者であった場合に1ヶ月分の保険料が発生します。
勤務日数の長短によって発生したりしなかったりすることはありません。
したがって、極端な話、末日に資格取得した場合であっても、
その月の分の保険料が発生することになります。

ただし、その保険料をいつの給与から控除するのかについては、
貴社が当月徴収なのか翌月徴収なのかで変わってきます。
たとえば、9/1資格取得で20日締め25日払いの場合、
翌月徴収なら9/25支払い分の給与からは控除せず、10/25支払い分の給与から“9月分”の保険料を徴収することになります。
（勤務日数が何日なのかは関係ありません）
これに対し、当月徴収の場合は、9/25支払い分の給与から、9月分の保険料を徴収することになります。

まずは、貴社が翌月徴収なのか当月徴収なのかをご確認ください。
ひょっとしたら、当月徴収で保険料が控除しきれないような場合や控除すると支払額が少なくなりすぎるような場合は翌月徴収というような、変則的な徴収方法を取っている可能性もあります。
（翌月徴収と当月徴収が混在するとトラブルやミスの元ですから、
　あまりオススメできませんが・・・）

> 当社の給料は、２０日締めの当日２５日支払ですが、途中入社の場合日割り計算しますので、１２日しか出勤日数がありません。前任者からは、給与計算日数が１７日なければ、控除しなくてもよいと聞いていますが、それでよろしいのでしょうか？

こんにちは。
17日以上出勤しなければ、社会保険料控除をしないという管理はおかしいですし、間違いの原因になると思います。
日にちで設定するよりも、社会保険料を控除できるか出来ないかで判断された方が良いと思います。

ただ、出勤日数があまりにも少なければ、控除したくても控除できないことも発生いたします。
従いましてルールを決めればよいと思います。

①控除できなかった場合は、現金にて徴収する。
②翌月給与にて２ヶ月分控除。

このどちらかで統一されてみてはいかがでしょうか。