介護施設からの引き落としが請求や領収書の額と違っています

祖母は1人生活が不可能になり、グループホームに入所。そこから同じ建物内のデイサービスと同じグループの別の施設のデイサービスを利用していました。

先日施設を移ることになり、全ての清算をして退所しました。

しかし数日後「利用料の一部が引き落としできてなかったので4ヶ月分○○円いただけますか。引落しにしたらいいですか？持ってこられますか？」と電話。これまで請求に対して引落しも毎月行なわれており、領収もきていたのでとっさには納得できず「口頭では困るので見てわかる書面にしてコチラにくださ」と伝えましたが「あーそうですか」との返事。

びっくりして請求書、領収書、通帳を照らし合わせたら確かに請求額より少ない引落しでした。しかし、領収書は請求書の額で届いています（高額なため印紙に割印有）。
金額まで全て確認はしていなかったこちらにも落ち度はあるのかもしれません。

不安になって家にある昨年度分と通帳の引落し額を確認すると、5回くらい領収書の額面と通帳から引き落とした額が違います。多かったり少なかったり・・・よく計算するとプラスマイナスは0円。どうも、引落し忘れたら気づいた月にプラスして引き落としていたようです。
しかし、利用者、家族側には一切連絡はなく今回調べて初めて気づきました。

こういう操作を勝手に施設が行なってよいものなのでしょうか？
不審になって「入所している間の全ての請求書と領収書を見せて欲しい」と言いましたが「こちらで確認してみます」といわれました。