社員の家族の扶養について

まず、扶養には２種類あります。
所得税法の扶養親族と、健康保険法の扶養者と、、、

所得税法の扶養親族は年間所得が３８万円以下でなければいけません。
義父が事業を行っているようですので、所得が超えているのでしょう。その時点で所得税の扶養親族にはなれません。

そして、健康保険法では、年収１３０万円未満でなければ被扶養者にはなれません。
生活保護を受けている親にたいしては、生計維持関係がないために生活保護がうけられるので、その時点で被扶養者にはなれないでしょう。被扶養者にするには仕送り等をしなければいけませんし、仕送り等があれば、生活保護は受れられません。。。どちらをとるかは本人同士の問題ですので、ここではふれません。

義父が医師国保に加入しているそうですが、国保には扶養という概念がありません。
よって、家族でも医師国保に加入することで、保険料が増額します。。
また、医師国保に加入している場合、自分の病院での診療は受けられない場合があります。義母の診察を義父がしても、自費診療となってしまうのです。その点も考慮されているのでしょう。。。

だからといって、それをあなたがどうにか言ってやめさせることも扶養から外すこともできません。
被扶養者の判断は健康保険の保険者がします。正規の届け出をだしてみとめらえているのであれば、問題はありません。
所得税は、年末調整および確定申告で、所得確認をされますのですぐにわかります。
こればっかりは、身内の問題ですので、なんとも言えません。