退職にともなう清算金

こんにちは。

通勤費の規定はどのようにされていますか？
たとえば「実通勤日数に応じた実費を支給する」とされているなら、４月分の通勤実費を支給するだけで足りますので、残り２か月分は返してもらうべきでしょう。
単に「毎年３月・６月・９月・１２月の年４回に分け、直近の３か月分を支給する」としている場合は、通勤日数に基づいた支給体系でないため、１日でも通勤する場合は３ヶ月分の通勤費を支給するというように受け止められる恐れがあります。

もし、３ヶ月分のうち２ヶ月分を返してもらうというのなら、単純に「支給額÷３ヶ月×２」で計算した額を返してもらえばいいのではないかと思いますが・・・。
定期券を購入しているということでしたら、一旦定期券を解約して、払い戻し分は全額会社に返却してもらい、改めて退職日までの通勤回数分の回数券を支給するという方法はどうでしょうか？
まだ定期券を購入していないなら、一旦通勤手当を全額返してもらい、１ヶ月分だけ支給するという方法もありますが・・・。

いずれにせよ、本来は通勤規定で定めておくべき事柄ですので、この機会に通勤手当を１ヶ月毎の支給にするか、あるいは、支給期間の途中で退職した場合の返金義務と、返金額の計算根拠を明記しておくか、何らかの規定を設けるのがよいと思います。

ご参考になる点がありましたら幸いです。

まゆりさん、ありがとうございます！！
とても参考になりました。
続けて質問したいのですが回答お願いします。

うちの会社の通勤費に対する支給の規定は、一年の間で「3月・6月・9月・12月の年4回に分けて、直近の3ヵ月分を支給する」という規定です。
この社員は、定期券は1ヵ月分購入済みだそうです。
定期の期限が5月5日までだということなのですが、この
場合一旦、3ヵ月分の定期代を戻してもらって新たに1ヵ月分の定期代を支給し直しすればよいのでしょうか？？


うちの会社には、今まで退職時の際の通勤費支払の規定がなかったようで資料がなく困っています。
一般的な方法で処理したので回答お願いします。

再び失礼します。
１ヶ月分だけ購入済み（期限が５月５日まで）とのことですので、厳密に言えば、退職日から５月５日までの数日分は払いすぎということになりますが、解約手数料や解約で払い戻しされる額（購入金額より当然減ります）、それに手続きの手間をを考えますと、今回は１ヶ月分の定期はそのまま使っていただくことにして、
支給した３ヶ月分の通勤費－１ヶ月分の定期の購入代金
で計算した金額を返金してもらう方法が一番よいように思います。

ご参考になれば幸いです。

まゆりさん、ご返信ありがとうございます。
では今回は、3ヵ月分の定期代から1ヵ月分の定期代を引いて
その差額を払い戻ししてもらうというかたちで処理したいと思います。

とても助かりました。
ありがとうございました。