休日出勤の短い労働時間の扱い

ありなのかどうか分からないですが、当社ではそうしています。休日手当と有給手当は当社では一緒につかないことになっています。私もこの処理は問題ないのか疑問に思っていますで、どなたか回答お願いします。

基本的に、短時間の休日出勤は認めるべきではないと思います。
振り返る以上は、通常の出勤日と同じ労務提供義務が生じますので、所定時間働いてもらうべきです。
かなりの人数が休日出勤が必要で、短時間のみの場合は、
１．所定時間働いたと見なす
２．振り替え休日とはせず、残業扱いとする
の２案があり得るのではないでしょうか。
当社では、２０００年問題（古い！）の時は１で対応しました。
残業の場合、法定休日の場合は割増率が異なります。
週４０時間を超える部分を２５％割り増しでという考え方でどうでしょうか。