震災による通勤経路の変更時通勤手当

> 震災により電車が通常運行しておらず、毎日違うルートで遠回りして乗り継いで出勤する社員がおります。
> 通勤手当の支給は実費で支払うべきでしょうか？

ご質問からしますと、通勤災害、労災等との絡みもあるかと思います。
通勤時の労災確認はご承知と思いますが、会社が指定、もしくは容認した経路を使わず、事故等に遭われた場合、労災に認定されない場合があります。
このたびの地震津波により、関東をはじめ交通機関ですが、電力会社の停電、あるいは交通機関の運転状況が削減されたとすれば、出社退社時の社員への安全労務管理の面からも容認することも必要とも思います。
また、場合によっては特別有給休暇、あるいは自宅での業務実行する等の策を求めてもよいと思います。
ここは、会社としての基本的な考えを求めるべきでしょう

通勤労災の認定事例集HP

社会保険労務士
　　知識士の提案者
　　　　　柴田　義重
http://www11.ocn.ne.jp/~shiba-sr/page-02.htm