社用車で通勤する場合の手当

参考になるか判りませんが、誰も返信していないようなので、私の会社の例をお話します。

弊社でも社用車と自家用車の２通りの社員がいます。
営業メインの業態のため、ガソリンカードを各社員に支給しています。ですから実際に通勤に使用するガソリンも会社のカードで賄っていますのでどちらにも通勤交通費は支給しておりません。
ただし、社用車の場合は、任意保険・車検・税金が会社持ちのため不公平感が出ますので、自家用車の社員には車両手当として毎月２万５千円支給しています。
業務上の都合で公共交通機関を利用する場合は、その都度給与に乗せるのは手間がかかるので、スイカやその他のカード類を貸し出したり、もしくは実費精算していますよ。
交通費は支給が義務付けられているものではないので、会社ごとの就業規則に大きく左右されると思います。

一般に通勤手当は、通勤に要する費用の実費弁償的な意味合いで支給される手当なので、会社が燃料負担している社有者で通勤する者に新たに支給すると日当的な支給となるため、従来の通勤手当との整合性が崩れると思います。私なら支払いません…当然、自家用車による通勤者への25,000円＝年額30万円も維持費の補助としての実費弁償の範囲内と解します。

　ただし、業務指示で「社有車を置いて帰宅させる場合」には、「公共交通機関で帰宅・出勤する」等の指示も含まれますから、公共交通機関で通勤した場合にはその費用(往復のキップ代)、自家用車で来た場合は自家用車の通勤者として日割精算するなど、賃金規定に基づく支払が必要と考えます。よってわかりやすくするため、車を置いて帰らせる場合には「往復の運賃を後日精算すること」と「公共交通機関で通勤すること」を併せて指示するのが妥当と考えます。