通勤費の払い戻しについて

設問の前段の処理で差し支えないと考えます。
通勤費が「通勤に要する費用として」支給される旨の規定であり、定期券支給されている場合、実際に要した額を超える請求は労働者側の不当利得であり、会社側の返還請求に対して「通勤に要する費用の措置(＝変更後の額の支払)」がされるなら、差額への請求権は生じず、認める必要はないと考えます。

　ただし設問とは違い、交通費が通勤の距離、手段等に関係なく一律で支給される場合、賃金規定に従って次期賃金支払時から額を増減するか、または変更事由の生じた日を基準に日割計算することとなるので、その精算方法を予め規定で確定する必要があると考えます。