学校に通う者の社員扱いについて

ご質問の　社員が大学を含め教育機関あるいはビジネススクール等に入学し、その学習期間の人事権については、通例では休職扱いとしその期間に要する学習費用等は、低利での貸付け又は一部を無償供与とする場合があります。

あくまで、就業規則及び学習補助制度等設定し、両者間で合意書を作成することが賢明でしょう。
お話の状況なんですが、商社など海外で勤務される方が、海外の大学に入学し、その期間はやはり休職扱いですが教育資金の貸与、住居等は無償供与としていることがあります。
研修(研究）費あるいはそれらに要する費用は福利厚生費で計上しています。
（添付資料　９条休職扱い１；七が該当します）

就業規則「休職」の規定の仕方は?

http://www.sh-kisoku.info/kyushyoku.html