病気休暇

> 人事の説明では、有給もしくは欠勤(健康保険組合の60％負担)にて処理するとのこと。

年次有給休暇は社員からの申請に基づき付与されるものです。
会社が勝手に年次有給休暇で処理する旨の決定はできないでしょう。

> 労災と傷病手当(健保3分の2負担)の間の位置づけで、「診断書による病気休暇」なるものがあるので労務相談できると精神科主治医から聞きました。

傷病手当金の手続きを希望されている場合は可能と思います。
傷病手当金を申請して給付しようとする場合、労働ができなくなった日から３日間は待機期間となりますので、その期間を年次有給休暇で充当（本人申請）することは考えられます。

google検索キーワード「傷病手当金 精神疾患」でも検索してみてください。

> 「特別休暇」という枠は、労災認定された業務起因の疾病に限られるため、精神疾患には適当ではないだろうとのこと。

特別休暇については法定外ですので、ご相談者様の会社の規程に基づくものと思います。

ご教示頂き有り難うございます。
google検索もとても参考になりました。
あと2点教えて頂けないでしょうか？

やはり「労災と傷病手当(健保3分の2負担)の間の位置づけ」になる　病気休暇　は法的にないということでしょうか。

会社の就業規則には「特別休暇：公傷休暇／業務上の負傷または疾病にかかったとき医師の診断書を提出し会社が承認した期間（関係法令及び賃金規則の定めるところによる）」とあります。
人事はこの関係法令とは労災であると言います。本当でしょうか？

宜しくお願い致します。

病気休暇を含む特別休暇については法律がありませんので、会社の事情により取得目的や取得範囲を設定できます。

ご相談者様の会社の就業規則に、関係法令とは労災法を指すと明記されてるのであれば、その範囲となります。