有給休暇を間違えて与えてしまったんです。

給与計算に間違いがあった場合に間違った金額について精算することは問題ありません。
早く、パートさんに状況を説明することですね。

一番問題となるのは、労働基準法上の賃金の全額払いに抵触しないかどうかということです。

一般的には、合理的な範囲内（時期、方法、金額等）での過払賃金の精算は全額払いの原則に反しないと解されています。

主なポイントは、
①　過払い賃金の控除を行う時期は、賃金の精算調整の実を失わない程度に合理的に精算していること。
②　その金額が労働者の生活を脅かすおそれのない範囲であること。
よくパートと話をし、一方的に全額を控除することだけはさけましょう。

良くわかりました、パートさんにきちんとお話して理解を頂くようにします。ありがとうございました。