通勤費／旅費精算のインターネット等を介した申請について

Ａ：一度御社の顧問税理士さんとご相談されましたら。
（一例）出勤伝票は本人記載・押印→所属長押印、本人「カラーpdf」にて、インターネット申請→総務で支払手続、出納責任者押印→給与とは別に振込。
但し、領収書は別途郵送、総務で確認後支払でいかがでしょうか？
官公庁への電子申請と同じような手続き等が考えられます。
責任者と確認者と先に決めておく、ルール作りが大切です。

藤田行政書士総合事務所
行政書士　藤田　茂
http://www.fujita-kaishahoumu.com/

早速のご返信ありがとうございます。

※一部訂正させてください。
　（誤）出勤伝票
　（正）出金伝票

当社は顧問税理士と契約しておらず聞ける人がいないので、
よく大きな会社では、給与と一緒に振込まれると聞きますので
どのように手続きをすれば、法的、その他諸々問題なく
処理できるのかが知りたく質問しました。

１．給与と一緒に振込すると何か問題があるのでしょうか？

　例えば、
　通勤費は通勤手当で課税・非課税を分けて明細して支給
　諸費交通費等の精算は、旅費交通費等の項目で支給
　のように項目を分けるというのではだめなのでしょうか？

２．下記のような流れで問題がありますか？
　１）交通費／旅費交通費等の請求がある場合は、メールやグループ
　　　ウェアの申請ルートを介して申請する
　２）領収書を必要とする場合は、郵送する
　３）申請された請求内容を請求書に印刷する。
　　　※領収書を必要とするものは、領収書が到着後に印刷。
　　　　印字項目
　　　　請求者、請求日（１）の申請日）、請求額、出先名、請求区間
　４）所属長が内容を確認し、請求書に確認日で押印する。
　５）総務が内容を確認する。
　６）給与と一緒に振込む。
　７）５）で確認した請求書に振込日で押印する。
　８）７）の請求書を振替伝票と一緒に閉じる。

以上、再度ご教授お願い致します。