【就業規則】運用細則のみの変更だが届出義務はあるのか？

下記条件により必要となります

「作成及び届出の義務」関係の通達

（２） 就業規則本則と別規則を設けた場合、別規則であっても就業規則の一部であることから、本規則と同時に作成して所轄労働基準監督署長に届け出なければなりません。また、意見聴取などの規定についても同様です。

ご質問は、就業規則分冊は…ではなく、「運用細則」なるものが就業規則なのか否かで、答えが決まる質問と愚考します。

就業規則とはなんぞや、という定義を拡張してしまうと、商売手順書といった社内文書までが、労基署届け出文書となってしまいます。

就業規則は、いろんな定義づけができるでしょうが、労働条件の規定集で、労働者の（賃金をもらう）権利（就労の）義務の集大成、使用者側から見れば、指揮命令するうえで、守らねばならいルールブックでしょう。

運用細則なる中身を周知徹底せることで、労働者の就業の義務範囲を明確にする性格の文書であるなら、法に定めた就業規則変更の手順でこなすことになりましょう。

そうでなく、運用の細則というのは、いうなれば管理者側の社内文書（労働者に提示する文書でない）なら就業規則でない、それをまもらなかった労働者がいたとしても、不問である。たとえば、残業命じるに当たって、終業時刻前までになんとかかんとか、上長の心得集？であれば、それは就業規則ではないです。管理者によって運用がまちまちなら、社内統制が取れないので、そういった性格の文書は、会社に大なり小なりあるものです。

よって「運用細則」がだれに読ませる文書なのかで、どうすればいいかが決まるでしょう。