扶養人数について

国税庁発行の「源泉徴収のしかた（平成25年版）」という冊子はご覧になっていますか？
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/shikata2013/pdf/00.pdf

その14ページの「2　税額表の使い方」の（2）に記載がります。

１．本人が障害者（特別障害者を含む）、寡婦（特別の寡婦を含む）、寡夫、勤労学生である場合。
２．控除対象配偶者、扶養親族（16歳未満を含む）に障害者（特別障害者を含む）、同居特別障害者がいる場合。

上記に該当する場合は毎月の給与の計算において扶養親族数に１をプラスします。

なお、これは給与・賞与の計算においての便宜上の措置ですので、年末調整時にはあくまでも実際の扶養親族数で、それぞれの該当する控除額を計算します。年末調整では障害者控除や寡婦控除・勤労学生控除などが受けられますが、給与の計算にはそれらが反映されないため便宜上扶養親族数を多くすることで源泉徴収税額を軽減させているのです。

例えば、本人が障害者（その他の扶養親族は居ないと仮定して）であれば給与・賞与の計算では扶養親族数１として税額表に照らし合わせますが、年末調整では扶養親族ゼロ、本人の基礎控除38万円に障害者としての控除27万円がプラスされます。

したがってご質問のケースでは扶養親族数として「控除対象配偶者」１名と、本人の障害者としての１名の合計２名として税額表に照らし合わせます。

なお扶養控除申告書はパートでも他に就労していないのであれば、もしくは貴社が主たる勤務先であれば提出できます。提出があれば甲欄課税、提出しなければ乙欄課税（年末調整対象外）となるだけです。