2次相続継承した借入金について

貴方は取締役、甥っ子達は、貴方の会社に融資している債権者ということですか？

＞配当もせず、継承した買付金の回収を随時、気の向くまましている
のが現状です。甥達は専従で従事しているわけでなく、彼らの活動原資になっています。
何か不条理でどうすればいいいいか、知恵を貸して下さい。

賃料収入を得て、甥っ子達に給与（報酬）を支払っているのかな？
顧問税理士もついているようですし、貴方自身はどうしたいと考えているのでしょう？

会社における支配力をどこまで求めるかでその方向性が求められます。
お話から拝見しますと、企業のトップ、つまりは代表権の行使の考えがいまいち曖昧であるように思います。
同族会社の事業継承は、家族、親族等の考え次第でその方向が変わってきます。
まずは、取締役として業務をS寄稿される方を含め、会社の会計試算表、貸付、借入等の管理票、職務との権限規則などチェックしておくことです。

参考　専門家Hp
あいち産業振興機構HP
トップ > 経営戦略レポート 特集 > 同族会社における事業継承の抱える問題点
http://www.aibsc.jp/nsj/01tokusyuu/060701_01/index.shtml