住宅手当等の支払い基準について

＞併給を避けたいという悩みがあります。

全く異なる性質のもので併給を避けたいという趣旨がよくわかりません。
通勤費は、文字通り通勤するための費用ですから、殆どの社員に恩恵があると思われます。
その一方で、住宅手当は、どちらかというと一部の社員ですよね。
支払金額は今より減ることはないということですが、通勤費は非課税枠があり、住宅手当は課税対象になりますから、そういう意味では不利益変更になるかもしれません。
通勤費３万円の人には住宅手当３万円を支払うという意味でしょうか？
非課税通勤費の限度額は１０万円ですが、通勤費１０万円の人には、例えば、５万円の住宅手当は支払わずに今まで通り通勤費で支払うということになりますね。

> 　規定上「住宅手当は、世帯主に対して支給する。なお、住宅手当の支給対象者には通勤手当は支給しない。」とする予定です。

通勤費は労働者本人のみですから明確です。
でも、世帯主という言葉の解釈も問題が出てきそうですよ。両親と同居しているとか、不動産名義が奥さんだったり、
「生計を一つにしている」とか、もっと具体的に煮詰める必要があると思います。

度重なる修正追加投稿で申し訳ありませんが、
手当類の新設、廃止は、その目的、趣旨を明確にしておかないとなりません。
私共では必ず社内稟議決裁事項としています。
例えば、「住宅手当の新設は、住宅価格の高い大都市に住む社員の住宅に係る費用を軽減したい（軽減することを目的とする）」というように理由付します。
誰がそれを承認したのか、また後日、その目的が第三者にもわかるように記録しておくためです。
他社さんのことになりますが、それからすると、通勤費の廃止は、それなりの意味をもたせないとならなくなりますね。




> 　諸手当の中で住宅手当を新たに設定することにしています。また、既に通勤手当は実費支給をしています。しかしながら、併給を避けたいという悩みがあります。
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> 　そこで相談したいことは、片方のみを支給するという規定に違法性は無いかということです。
>
> 　住宅手当が通勤手当を上回る場合にのみ住宅手当を支払い、住宅手当を支給する時は通勤手当は支払わない考えです。
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> 分かりにくいかもしれませんが、実態としては支払い金額を多くすることにはなります。
>
> 　規定上「住宅手当は、世帯主に対して支給する。なお、住宅手当の支給対象者には通勤手当は支給しない。」とする予定です。
>
> 　アドバイスをお願いします。
>

こういうのはやめておいた方が無難です。通勤手当・住宅手当という名前で隠蔽してる第２基本給とみなされ、割増賃金計算に算入させられかねません。