給与の過去遡及があった場合の法定帳票について

原則は、すべて訂正します。。。

２年前の給与を今払ったとしたら、２年前の所得が少なすぎたということですので、遡って訂正います。
２年間の年末調整のやり直し、労働保険の申告修正、健康保険、厚生年金等の定時決定の訂正が必要であれば、行っていただくことになると思います。

もちろん、それに伴い、源泉徴収票の再発行、税務署、市区町村役場への修正手続きも必要となるでしょう。。個別に対応してくれると思いますので、直接、ご相談ください。

なお、定時決定等で社会保険料が変わってしまう場合においては、社会保険料は実際に支払った年に対して行いますので、徴収した年に反映させれば良いそうです。
ただし、徴収しすぎで還付する場合は、遡って訂正する必要がありますので、結果で判断してください。

源泉徴収簿は、年末調整の結果が反映されなければいけませんので、訂正するのであれば、訂正前、訂正後と合わせて綴っておく必要があるかと思います。
賃金台帳については、賃金の支払いの都度遅滞なく記載することになっていますので、
計算根拠や、支払日、支払額が通常の給与とは別に支給しているということを明確に記載しておけば良いでしょう。

ただし、労働保険の計算において、２重加算しないように注意しましょう。
できるのであれば、別途計算明細などをつけておくとよいと思います。


システムの不具合でも、会社都合によるものでも、支払いは事実ですので、事実に基づいて適正に対応してましょう。

＞他にも、昨年の勤怠に間違いがあった・・・　⇒　出勤簿やタイムカードはどうすれば・・・？
勤怠の間違いがタイムカードの方なのか、勤怠集計が違っていたのか原因を追究するべきでしょう。それができないのであれば、いつまでたっても勤怠集計ミスは続きます。どちらを訂正するにしても、なぜ、訂正が発生したのかをはっきりさせるべきでしょう。


＞社会保険徴収額に間違いがあった・・・　⇒　賃金台帳や源泉徴収簿は？
先に書いた通りですので、参考にしてください。

＞過去の修正によって法定帳票は改めて出力しなおす必要があるのでしょうか？
修正方法は、官公庁によって異なりますので、それぞれに確認しましょう。
内容によっては、電話一本で終わりになる場合も有りますし、指導してもらわなければいけない場合も有ります。個々に対応する必要があります。

早速のご回答ありがとうございます。また、ご丁寧にご説明頂きありがとうございます。

やはり、原則は全て訂正、、、という事なのですね。
頂いた回答を見る限り、システム側でどこまで対応するべきなのか、改めて社内でも検討してみたいと思います。

ただ、訂正については結果的には手書き訂正がよさそうな感じをうけますので、それも含め検討したいと思います。

逆に、「手書きの方が良い」「システムで再出力出来た方が良い」などもしご意見がございましたら、頂けると非常に助かります。

システムが悪い状態での訂正は不可能でしょう。。。システムが正常に動いていないという結果、現在に至ったのであれば、、、

手書き、データ保管は、御社次第ですが、、どこをどのように、どういう理由で、訂正して、それをいつ、だれが、どの結果をもとに正しく直したかが分かればよいと思います。
たとえデータ修正でも、過去のデータの上書をせず、また過去のデータと訂正部分が比較できるようにデータを残してあるのであれば、だれが見てもわかるようにしておけばよいと思いますし、、、
１人２人の訂正なら、手書きで書き込んでしまった方が楽かもしれませんが、１０人以上であれば、手書きでは集計も大変になると思います。
また、給与システム以外の計算ソフト（表計算など）で計算することが手書きと取られるのであれば、それは御社の判断次第だと思います。
手書きの場合は、２度と修正ができないよう、消えないボールペン等で記入することをお勧めします。

記録としては、すべて残しておく必要があると思います。

システムの対応というよりも、どこが間違っていたから今回のような問題が発生したの原因解明をしないことには、対応はできないのではないでしょうか？

官公庁に提出するのは手書きでは済まない場合も有りますので、ご確認を。。。。原則、源泉徴収票はだし直しです。