変形労働の法定労働時間の考え方

変形労働時間制が要件満たして成立しているかは、質問者さんサイドでおっていただくとして、

「総務の考え」方であってます。「部門の考え」は、３６協定をむすばない話です。

どこにかいてあるか、「労基法」にそのものずばり書いてあります。

法定労働時間の定めは、法３２条
「使用者は…してはならない」
日は８時間超えてはたらかせることを禁止してます。

一方、変形労働時間制や、時間外労働は
「使用者は…できる」
「…」部分の要件みたせばできる、してよい、と言っているのです。

どういうことをしてよいかというと、変形労働時間制では、要件満たせば
特定の週、日において法定労働時間を超えてはたらかせてよい、と。

時間外労働においては、要件満たせば法定労働時間・変形労働時間の定めを超えて（協定時間まで）働かせてよい、といっているのです。その場合は、次条の３７条で法定割増賃金の支払いを義務付けています。

部門のために追加です。変形労働時間制の成立はあくまで、あらかじめ要件満たした「定めをした」ならば、変形労働時間制は成立し、その後の実績によって不成立になったり左右されない、ということです。実績における時間超過は、３６協定の有無で、処罰のボーダーが低くなったり高くなったりするだけです。