ボーナスは労働条件

詳細な条件がどのような内容によるか、にもよりますが、対象となる従業員に含まれているのであり、就業規則に規定されているのであれば、就業規則の規定により賞与規定により、賞与が変動するかと思われます。
全社員なのか、雇用の定めのない従業員だけなのか、業績に寄与した分に応じて、ということもあります。



> A社内には、B労働組合（過半数組合）とC労働組合があります。
> A社とB労働組合ではボーナスを５０００円上積する労働協約を締結しました。
> それは、就業規則に適用されました。
> １、ボーナスは労働条件に含まれますか？
> ２　非労働組合員Dはボーナスを５０００円上積してもらえないのですか？

もちろん賞与も労働条件の一つです。

協約の４分の３以上要件が適用できるかどうかも含めた質問かと思いますが、あまりにも情報が不足しているため斟酌不可です。