請求書の出力について

振込手数料については、貴社側が負担すると決まっているのであれば、その分も含めて入金金額とするほうが処理がわかりやすいと思います。
顧客側から見れば、支払った額に入れてくれないと、その方が問題になります。

一方、消費税差額について、現在は問題になっていないかもしれませんが、今後インボイス方式が適用されると問題が生じる恐れがあります。
請求書の消費税計算について、検討が必要かもしれません。

gtk さん
こんにちは
まづ、取引先によって、請求締め日や振込み手数料をどちらが負担するか異なっているので、その確認をして取引先情報として管理する必要があろうかと思います。
支払い方法につきましても原則的には契約書に記載されているかと思いますので、こちらもご確認してください。
取引先との基本契約にそれらが記載されていましても、必ずしも、その通りに事が運ぶとは限りませんので臨機応変なご対応が必要かと思います。
　消費税、振込み手数料等が何故に異なるのか理解に苦しむところですが、消費税が異なる事は考えられません。異なるとしますと振込み手数料ではないでしょうか？
振込み手数料が先方負担であれば逆算で正値が求められます。貴社負担であれば振込み方法や種別でその額は分かりますね。
ちょっと気になりましたので投稿しました。

四畳半一間さん

ありがとうございます。

ご指摘の疑問についてお答えします。

振込手数料について
契約では振込手数料は相手持ちでも実際にはこちらもちのことが多々あります。しかたないと考えています。

消費税差額について
こちらでは納品書単位で計算するのですが、相手が請求書の合計で計算して端数があわないことがあります。これもしかたないと考えています。

顧客と調整する労力やコストと比較して、許容することが適当かなと考えている次第です。

消費税差額について、ですが
現状はそれでも許容されているのですが、インボイス方式が始まるとそれではだめになります。

貴社の請求書の消費税計算が不適なのか、取引先の計算が不適なのかはわかりませんが、適格請求書が発行できるように準備を進める必要があると思います。