年末調整業務について

私見です。

数百名はまったく小規模ではないですね。

所得税法196条に、
国内において給与等の支払を受ける居住者は（略）申告書を、当該給与等の支払者を経由して、（略）所轄税務署長に提出しなければならない。
とあります。
本人が提出しなければいけない書類なので、会社が勝手に作るのは問題でしょう。

>本人ではなく税理士が代筆しているのか、代筆もせずにデータをPCに入力し処理しているとこのと。

上記はよく意味がわかりません。
税理士が代筆しているのですか。それとも代筆していないのですか。
税理士が代筆しているにせよ、本人からなんら話を聞かずに書類を作成しているのは税理士としての職務を全うしているとは言えないように思います。

うみのこ様

ご返信ありがとうございます！

税理士が代筆、のところについて
実は私もこの会社に入って日が浅いので、
毎年の年末調整をこの会社がどのように行われていたのかよく分からないでいるのです。

複数の職員からの聞き込みによると、
昨年の年末は、保険料控除申告書は名前と住所のみ記入すること。
他下段にある保険料控除申告欄は一切記入するな、と指示があった。
恐らく、顧問税理士が控除申告欄を代筆してるのではないか
とのこと（職員の予想）

そして、今年の年末調整に関して
扶養控除申告書は各々記入して下さい。
保険料控除申告書は記入する必要がありません。（会社から用紙も配りません）
という措置になっております。

なので、今年から弊社人事部に入社した身として
このようなことがまかり通って問題ないのか…と思い質問させて頂いた次第です。

本日、税務署にも確認してみようと思います。
ご回答いただき、とても参考になりました。
ありがとうございます！