源泉徴収していないのに年調還付金があるのはなぜ？

> お世話になっております。
> 月の役員報酬が4万円で所得税の源泉徴収をしていないのに年末調整で約3000円の還付金がありました。
> 源泉徴収していなくても年調の還付が発生することがあるのでしょうか？
> ご教示いただけますと助かります。


こんにちは
年調や給与計算は自社でしょうか
委託でしょうか
委託であれば委託先に確認しましょう
自社であれば源泉簿の確認を
どこかで源泉されている月があるとか
1年間の内容がわからないとなんともです
とりあえず

通常、年間を通して源泉徴収額が0なのであれば、還付は発生しません。

年末調整の対象となっていることから、扶養控除等申告書は提出済みかと思います。
毎月4万円の役員報酬とのことですから、この額だけなら源泉徴収額は0となるはずです。

考えられることとしては、役員賞与などで毎月の報酬とは別に支払があること、単なる事務処理ミス、役員報酬以外の給与所得の存在
などがあります。

まずは、各支払の給与明細・賞与明細などで支払ごとの源泉徴収税額を確認してください。
そのうえで、システムへの入力ミスがないか、確認してもらってください。