始業・終業時間の定めについて

就業規則と労働協約はともに労働条件を集団的に規制するものであるという点では同一の機能をもちますが、
就業規則は、意見聴取義務や、手続き的には労働者への周知、意見聴取、行政官庁への届出が必要とされるものの、使用者が一方的に制定・変更することができるものであるのに対して、
労働協約は、労使両当事者の合意によってはじめて締結されるものであることから、就業規則より優位に立つものとされています。
つまり、就業規則の定めのうち、労働協約に反する条項がある場合には、その条項は無効となり、労働協約に定めた条項が効力を持つわけです。

ただ、労働協約の効力は、あくまで当該労働組合の組合員（監督的地位にある者は組合員となれないので除かれる）にしか及びません。当然のことながら労働組合のない事業場では労働協約を締結することはできませんし、そもそも労働協約は「使用者と労働組合との間の書面による協定」（労働組合法第14条）です。
これに対し就業規則はすべての従業員（いわゆる中間管理職を含む）に適用されますので、ご質問の場合にも就業規則への明示が必要となります。
事業場ごと始業及び就業の時刻のほか、交代制など何種類もの始業・就業時刻がある場合は、その職種、勤務態様別の時刻を規定する必要があります。

ご回答ありがとうございます。
労働協約が就業規則に対して優位性を持つことはよく分かります。
当社の場合就業時間に関しては労働協約・就業規則共に全く同じ記述をしています。

念のため具体的に再度確認させて下さい。

労働協約・就業規則共に「別途の勤務形式又は就業時間の配置をすることがある」という例外規定だけでは不十分で、

例えば、
本社　　　　始業9:00～終業17:30
東北支店　　始業8:00～終業16:30
九州営業所　始業8:30～終業18:00

というようにそれぞれ明記しなければならないとの理解でよろしいでしょうか。

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少なくとも就業規則には始業・就業時刻を明記する必要があります。