健康保険　厚生年金の支払について

> もし、払えなくなった場合　監督署が直接来たりなどするのでしょうか。

経験がないので、実際どうなるのかわかりませんが、法律上は国税滞納処分の例によることとなり、財産が差し押さえられて競売にかけられることになっています。

> 給与からは　ひかれているのに　払っていなかったと
> 判断されたら最悪ですよね。

労働者の給与からは保険料が控除されているのに会社が納入していないのであれば、責任は会社にあります(給与明細などは保存しておいた方がいいです)。
法律上2年前まで納入を求められますし、2年以前についても厚生年金保険料納付特例法で納付を求めるようになりました。
特例法では会社が支払いに応じない場合は未払い分を税金で補てんできるとしていて、補てん分は国が未払い企業に請求したり、裁判を起こしたりできるようになっています。