フレックスタイムの精算について

土日の休みと、法定休日の特定とのかねあいもありますが、

土曜日が、法定外休日であれば問題なく、本人の任意出社で穴埋めは可能です。
年次有給休暇は、土曜日という休日に行使する余地はありませんので、不可です。

フレックス労使協定で、不足分についての取り決めはどうなっていますでしょうか。翌月持ち越し、または不足分減給のいずれかと思いますが。またH22年改正法で、時間年休（1時間、2時間といった整数単位）の導入が労使協定締結で可能になりました。フレックスとの整合性を協定で取り決めれば適用可能かと思います。