傷病手当金申請期間、どう記入したらいい？

医師の記入欄は、厳密にいうと“証明書”ではなく“意見書”です。
ようは「医師はこの期間は労務不能であったであろうと認識していますよ」と保険者に意見を述べているだけなんです。
その意見書を確認したうえで、労務不能と認めるかどうかは保険者の判断となります。
ですから、必ずしも記載されている日にちが一致しなくても大丈夫ですよ。
（医師の意見書の期間に、現実として労務に服している日があれば、
　その日については労務不能とは認めないと保険者に判断されるだけのことです）

> 今回、医者が労務不能と認めた期間の始まりの日（初診日と同じ日）は午前中は普通に勤務して、午後、半日有給を使って病院に行ったので労務不能には当たらないんです。

ブッチさんのケースだと、初診日は労務不能に当たるはずですよ。
労務に服することができない期間とは、“労務に服することができない状態になった日”から起算すると、
以下の通達により規定されています。
しかも、「その状態となった日が業務終了後である場合は翌日とする」と記載されていますよね？
これは、逆を言えば、業務中にそのような状態になった場合はその日から起算するものと解釈できます。

【参考】
労務に服することができない期間は、労務に服することができない状態になった日から起算する。ただしその状態になった時が業務終了後である場合は翌日とする。
（昭和5年10月13日保発第52号）

なお、実際にいつを労務不能とみなすのかは、保険者が判断することです。
たとえ申請期間に労務不能に当たるのかどうか微妙な日が含まれていても、
保険者が労務不能と認めればその日の分も支給されるし、
認めなければその日を除いた日の分が支給されるだけです。
ですから、「療養のため休んだ期間（申請期間）」の項目には、
初診日と欠勤の最後の日（受診日）を書いておけばいいと思いますよ。
初診日が労務不能であった日と認められれば、その日から待期期間がカウントされますから、
結果として1日分の傷病手当金が増えることになりますしね。

なお、傷病手当金申請書には使用者の記入欄もありますが、
欄内の余白にでも、早退した日（初診日）に半日の年次有給休暇を取得した旨を記載してもらうことをオススメします。
半日出勤＋半日有給だと、1日分の給与が支給されるため、
1日働いたように見えてしまうかもしれませんので。

Maria様
早速のご回答ありがとうございます。
わかりやすい御説明　とても勉強になります。

これでやっと月曜日に申請書が書けます。
本当にありがとうございました。