月変算定の考えについて

お世話様です。
１月固定的賃金の改定により、標準報酬月額が４等級下がった社員の月変届けと１～３月の賃金台帳を提出したところ、通勤費について管轄の社保事務所から次の指摘を受けました。
（指摘）
①通勤費については、支払した月が１月なら、１月分の情報として月変届けを作成してください。
②６ヶ月分の定期代については、それを１月に支払ったのならば、１月から６で割って算入してください。
ちなみに、当社は次の仕様で算定データを作成（システムがそう処理する）しているため、上記指摘に困惑しております。
（仕様）
①通勤費は前払い。４月からの６ヶ月分定期を支払う場合は、３月給料で前渡しする。当社システムは月変データを３月を頭に１ヵ月あたりの通勤費を月変データとして算入するのでなく、４月を頭に算入する。
②車両通勤のガソリン代も前払い。４月のガソリン代は３月に支払うが、これも４月に算入する仕様となっている。
社保事務方は、「内部にも確認したが、こちらの考えに間違いはない。」といいます。当社としても、「これまで全てこのやり方で届け出をしてきて何も指摘されたことはない。こちらも決して不正を行ってるわけではなく、昇給遡及などの考えから、いつの手当てなのかで算入しているので、何とか今後も受理いただけないものか」といったところ、「誤って受理してきた部分は誤りますが、だめです。」の一点張りです。さすがに相手は法を司る側なので、こちらが正しいともいえるわけはないのですが、全国でこのやり方で統一されているともいえないのではないかという点、そして、人（事務方）により的な部分もあるのではないかと思うのです。
システム開発元には本件につき、仕様の改修含め見解を確認中なのですが、この点につき、受理にこぎ着ける交渉案をどなたかご教授いただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。