労働者本人の自由意志に任せるのではなく、会社が業務命令として資格取得をさせるのであれば、その取得に掛かる費用は、会社が負担すべき費用(会社が利益を上げるのに必要な経費)ではないでしょうか?
会社が負担すべき必要経費を労働者本人に給与から支払わせるということは、「全額払い」の原則に反しているとも言えます。
ただし、あくまでも業務命令であり、労働者本人に資格取得する、しないの選択の余地がない場合です。
そうではなく、労働者本人が業務に関係する資格を個人のスキルアップのため自主的に、或いは会社としては○○の資格を取得することを推奨するけど、受けるかどうかは任せるよ、ただし合格した場合は資格手当てとしていくらか支給するし、1回目の受験については受験費用を会社が出してあげる、但し2回目以降は自分で出してね、と資格取得することを労働者本人の意思に任せている場合には、2回目以降を個人負担としても問題ないと思います。
しかし、書込みを拝見すると、資格がなくても会社の経営・日々の業務には支障はなく、会社の都合(経営審査の加点)で資格の取得を推進しているというスタンスなのにも関わらず、実態は強制的に試験を受けさせているとの事ですので、業務命令ととられても仕方ないと思います。
そうであるならば、業務命令として2回目も試験を受ける事を指示していると解釈できますので費用負担は会社がするべきでしょう。