通勤事故の後の処理について

こんにちわ。いつも勉強させてもらっています。

　弊社の社員が通勤途中に自損事故を起こしてしまいました。バイクでの事故で足の打ち身と、顔を何針か縫ったようです。その日含めて3日間休み、今日から出社して来ています。通勤労災の申請をすることにしましたが、少し気になっているのは3日間の欠勤期間についてです。
　私としましては「夏季休暇（3日間の特別休暇）か、有給休暇の申請を出してもらったら構いませんよ。減給にはなりませんよ。」と伝えたのですが、それで良かったのかどうか。こういった事故の場合でもやはり欠勤になりますよね。だから、本人の給与を減給しないよう後出しでもいいから届けを出して下さいと言ったのですが。

　他に公に出来る救済措置というのはありますか？

たとえば、就業規則に「社員が私傷病以外のやむを得ない自己の都合で欠勤する時は事故欠勤とする。但し、やむを得ない場合は事後速やかにその手続きをしなければならない。」
とあるんですが、それをそのまま（欠勤扱いになる）手続きをしなければいけないんでしょうか。他県の営業所になるので目が行き届かないんです。（他の社員の思わくになんですけど。）
　
　何かアドバイスが有りましたらお願いします。