遅刻、早退、私用外出と有給の取扱いについて

お世話になります。

私は従業員２０名ほどの小さな会社で、事務員1名の状況で働いております。

遅刻、早退、私用外出（中抜け）した場合の給与の考え方について教えて下さい。

例えば・・2時間の早退をした場合、

①2時間分の減額をする。
②半有給(0.5日)扱いにする。

どちらが正しいですか？
皆さんの会社さんではどの様に取り扱われていますでしょうか。

ちなみに、ゴミ化していた就業規則は一応入社時に見つけてそれにならって
今まで給与計算していたんですが、そこには皆勤手当について「遅刻、早退3回をもって、欠勤１日とする。」とうたっていますが、
先日突然、「1時間でも1分でも遅刻、早退等した場合は皆勤手当はつけるな」と言われました。

また、タイムカードをつけない取り決めをしている社員もいます。その人だけ”みなし”のような取扱いで残業手当もつけません。でも早退分は減額処理しています。
めちゃくちゃです。

労働条件契約をしている社員はいないし、
まったく就業規則は意味がないし、
社長がルールな会社で、意見もできない状況です。(;_:)

他に相談できる人もいなく、どなたかおしえて下さい。
よろしくお願いします。m(__)m