雇用保険の資格取得届け手続きを忘れてしまった場合

新入社員の雇用保険事務手続きにおいて、12月22日に資格取得届けを忘れていたことに気づき、ﾊﾛｰﾜｰｸに出向いて、資格取得届けを無事済ませたのは良かったのですが、現行法律では２年間しか遡れないという事で、20ヵ月分について、資格を取得出来なかったのですが。
この場合、当然今まで、従業員から雇用保険料をとって、納付していた分については、従業員に年末調整も勘案して、1月に入ってから、20ヵ月分を支払う事にしたのですが、従業員に不利益にならない様するには、他に何があるのでしょうか。
又、事務手続きを怠った、忘れた行為(従業員)については、
法的に罰則があるのでしょうか。
と、経理的処理になるのですが、忘れていた従業員に支払するときは、雇用保険料の戻しという事で、借方　法定福利費
貸方　現金　と言う仕訳で宜しいのでしょうか。
何方か、アドバイスの程よろしくお願い致します。