休日出勤後の有給休暇申請

休日の振替は事前に日を特定して振り替えることが前提ですので、
休日の振替として処理することはできません。
事後であれば代休になります。
また、代休の指示をする前に年次有給休暇の申し出があったのなら、
当然ながら年次有給休暇のほうが優先します。
使用者には年次有給休暇の拒否権はなく、
時期変更権を行使できる要件を満たさない限りは、会社としては認めざるを得ないからです。
年次有給休暇じゃなくて代休にしてくれないか、と“お願い”をすること程度なら問題ないかと思いますので、
本人が了承して年次有給休暇の申し出を取り下げてくれれば、
その日に代休を与えることは可能ですが、
年次有給休暇の申し出を取り下げるかどうかはあくまでも本人しだいです。
会社側が強要することはできません。
（会社には年次有給休暇の拒否権はないからです）

Mariaさま、ありがとうございました。
勉強になります。