交通費補助について

月額3,000円なら、問題ないと思います。
詳しくは、下記をご参照ください。
http://www.shimizu-kaikei.com/CONTENTS-tuukin.htm

一点、ご注意させていただきますが、社内就業規則、雇用契約での支給する旨を謳っておくことが必要です。
ない場合には、その他の手当あるいは一時所得として課税対象となります。

＜非課税にできない通勤費について＞
税理士：浦田泉
http://www.all-senmonka.jp/zeikin/shotokuzei/post_36.html

おはようございます。
＞通勤距離等関係なく、交通費補助として一律3000円
は、非課税にならない方もいらっしゃるのでは？
国税庁ＨＰによりますと、
＜マイカー・自転車等＞
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2585.htm
＜公共交通機関＞
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2582.htm
というように区分されており、マイカー通勤の距離が２km未満の方や、徒歩通勤の方（通勤距離にかかわらず、通勤方法が徒歩の方）には非課税枠がなく、全額課税となっています。

ご参考になれば幸いです。